כפר עידוד מנוהל על ידי וועד נבחר מתוך חברי העמותה לצד נציגי ציבור. הורי הדיירים ובני משפחותיהם הם שותפים מלאים לצוות הניהולי-המקצועי בקביעת המדיניות, ובכל ההחלטות הניהוליות והמקצועיות המתקבלות בכפר, וזאת כאשר טובת הדיירים מהווה שיקול עליון בכל החלטה.
